穆拉的博德鲁姆区两处港口之间的岩石地带上坐落着博德鲁姆城堡，它大约于1402年由圣约翰骑士团以圣彼得城堡之名兴建。骑士团建造这座城堡的原因，是由于面对日益强大的奥斯曼帝国威胁，他们需要在内陆建立一个安全区域。由于博德鲁姆临近已经建有城堡的科斯，因而被选中，该地区当时保留着多利安时期的防御基底，以及一座来自11世纪的小型塞尔柱城堡。
城堡的建设于1404年在德国骑士兼建筑师海因里希·施莱格霍尔特的监督下开始。在1402-1522年间由圣约翰骑士团控制，该建筑并非单一民族所建，而是意大利人、法国人、德国人和英国人共同的作品。建设过程中，周围摩索拉斯王陵墓的方形绿色火山岩、大理石圆柱和浮雕被用作建筑材料。据了解，小教堂在1406年前后完工，英国塔于1413年落成，而最初的城墙则在1437年竣工。
城堡呈方形平面，尺寸为180 x 185米。要到达内堡需要穿过七道门，这些门上有十字架、平直或水平带、龙和狮子的形象以及纹章。内堡内包括小教堂下方在内共有14个蓄水池。城堡东墙以外的部分由双层城墙加固；法国、意大利、德国和英国塔楼分别由不同国家负责建造。距离海平面47,50米高的最高塔楼是法国塔。
奥斯曼帝国在整个15世纪期间对城堡发动了多次攻击，但未能攻克。杰姆苏丹在对兄长二世·巴耶济德发动政变未遂后曾逃避至此城堡。1523年罗德岛围困战后，该城堡与科斯和罗德岛一同归入奥斯曼帝国统治之下。奥斯曼时期，小教堂被改建为名为苏莱曼清真寺的清真寺，并为城堡增建了一座宣礼塔。几个世纪以来被用作军事基地和监狱的城堡，在19世纪经英国官员允许后，部分文物被带往大英博物馆。
第一次世界大战期间，一艘法国军舰开火导致城堡的宣礼塔倒塌，部分塔楼受损。该城堡曾短暂处于意大利统治之下，1921年随着意大利军队撤离而荒废了大约40年。自1960年起被土耳其政府改建为水下考古博物馆，该建筑如今成为该领域世界最大的博物馆，并在1995年的欧洲年度博物馆评比中获得了“特别表彰”奖。
如今博物馆的藏品在土耳其浴室、双耳瓶展区、东罗马船只、玻璃展厅、玻璃沉船、乌鲁布伦沉船、硬币与珠宝展厅、卡利亚公主展厅、英国塔、酷刑与屠杀室以及德国塔中向游客展示。此外，建立在33.5亩土地上的城堡户外区域还设有地中海地区特有植物的花园和展示区。
